De lagen van de tijd schemeren door elkaar heen in het ensemble waarin het Amsterdam Museum is gehuisvest. De biografieën van het stedelijk weefsel en de gebouwen vormen de drager van het ontwerp voor de renovatie van het Amsterdam Museum tot een eigentijds stadsmuseum. Een nieuwe poort aan de kopzijde van de Gedempte Begijnensloot markeert net als de bestaande poorten de overgang tussen de drukke straten en de rustige binnenhoven waar het museum omheen ligt. De binnenhoven worden hersteld als de centrale ruimte van het ensemble. De verschillende expositie zalen, educatie ruimtes, winkel en horeca liggen ieder met hun eigen voordeur aan de hoven. De ontvangstruimte voor de grote overzichtstentoonstelling ligt langs de Nieuwezijds Voorburgwal en geeft het museum een publiek gezicht aan deze van oudsher gesloten zijde van het ensemble.